Лаборатория «Математическая биология и биоинформатика» привлекает к исследованиям студентов направления «Прикладная математика и информатика»

Причем здесь прикладная математика, спросите вы? Успешно развивать современную вычислительную биологию и биоинформатику, а также науку о данных в биологии и прецизионной медицине невозможно без знаний и умения творчески использовать методы прикладной математики, машинного обучения, теории алгоритмов и статистики. Не забудем также и об excellent programming skills, без которых в биоинформатике делать нечего. Иначе говоря, необходим междисциплинарный подход, лежащий в основе подготовки специалистов в рамках программ бакалавриата и магистратуры направления «Прикладная математика и информатика» Института прикладной математики и механики.

Недавним ярким примером успеха подобного подхода в решении задач агрогенoмики, получившим широкий резонанс в России и за рубежом, стала работа по расшифровке генoма гриба Fusarium oxysporum f.sp. lini, атакующего лен — главную текстильную и одну из важнейших масличных культур России. Он родственен грибу, вызывающему «панамскую болезнь» у бананов, которая за последние 70 лет полностью уничтожила несколько сортов растений. Впервые в мире удалось собрать геном этого паразита в отдельные хромосомы, что было нетривиальной алгоритмической задачей.

По словам профессора СПбГУ, выпускницы ФизМеха (ныне – ИПММ) по направлению «Прикладная математика и информатика» Анастасии САМСОНОВОЙ, имеющей степень PhD University of Cambridge, критически важно найти генетическую причину того, почему одному грибу рода Fusarium больше «нравится» атаковать бананы, другому — помидоры, a третьему – лен. Это позволит понять, как паразит адаптируется к конкретному хозяину, и найти гены, которые отвечают за такие приспособленческие механизмы. Если это удастся, то с помощью технологий редактирования генома можно будет создать новый сорт льна, устойчивый к инфекции, вызываемой этим грибом.

Подробнее об исследовании читайте в СМИ:

• Вести Петербург: Петербургские учёные расшифровали геном гриба фузариум оксиспорум, чтобы защитить сельхозкультуры

• Indicator: Расшифрован геном атакующего лен паразита

• Российский научный фонд (РНФ): Российские ученые впервые в мире расшифровали геном льняного гриба-паразита

• Тасс Наука: Ученые расшифровали геном опасных паразитических грибков растений

Чтобы участвовать в исследованиях этого направления – поступайте в ИПММ на направление «Прикладная математика и информатика»:

• профиль подготовки бакалавров  «Биоинформатика»
• магистерская программа «Математическое моделирование в науке и индустрии», одной из реализаций которой является траектория, связанная с применением методов математической и системной биологии и биоинформатики.